Őssejt-transzplantációt először Robert A. Good professzor alkalmazott 1969-ben egy primer immunhiányos gyermek kezelésében. Az indikációs terület azóta kiterjedt különféle cytopeniákra, malignus hematológiai kórképekre, és bizonyos szolid tumorokra. Az átültetendő őssejtek származhatnak direkt a csontvelőből, a perifériás vérből és a köldökzsinórvérből. A graft sejtjeinek genetikai információtartalma szerint megkülönböztetünk allogén, syngen és autológ őssejttranszplantációt (utóbbi esetben a donor és a recipiens ugyanaz a személy). Az őssejtek közös jellemzője, hogy multipotensek, kisvagy középméretű mononukleáris sejtek,CD34 és c-kit pozitívak, illetve CD38 és HLA-DR negatívak.
Köldökzsinórvér eredetű őssejteket először 1988-ban használtak transzplantációra Franciaországban, Gluckman professzor asszony klinikáján. Azóta egyre növekvő számban helyettesítik vele a csontvelő átültetést.
Az USA-ban több mint 40, míg világszerte több mint 100 olyan bank üzemel, amelyek a köldökzsinórvér fagyasztásával és feldolgozásával foglalkoznak. Ezek a bankok két csoportra oszthatók: ún. "családi bankok", ahol a fagyasztva tárolt készítményt csak rokonok használhatják, illetve donorbankok. A kettő között az a lényeges különbség, hogy a donációra felajánlott (ún. allogén) mintákat a transzplantáció előtt HLA (humán leukocyta antigén) típusra nézve tesztelni kell. A saját célra történő (ún. autológ) mintáknál ezt a szűrést nem kell elvégezni, mert a donor és a recipiens ugyanaz a személy. Éppen a csontvelőátültetésnél használt HLA tipizálások folyamán derült ki, hogy az esetek csak 30-40 %-ban állt rendelkezésre HLA szempontból megfelelő donor. Ez vezetett az alternatív őssejtforrások kutatásához.