A vírus hetekig, évekig, sőt akár egész életünkben a testben maradhat anélkül, hogy jelenlétéről hírt adna. Vagy a genitális HPV fertőzés több hónapos vagy akár több éves lappangó időszak után keletkeztethet szemölcsöket, léziókat vagy méhnyaki eltéréseket.

A fentiek szerint a legtöbben nem is tudnak arról, hogy genitális HPV-vel fertőzöttek; a vírus semmilyen módon nem hívja fel magára a figyelmet. Az esetek többségében csak azért diagnosztizálják a HPV-t, mert az adott férfit vagy nőt valamilyen aggasztó tünet vett rá a szakintézmény felkeresésére, vagy rutinvizsgálat során valamilyen rendellenességre derült fény.

Bár a körültekintő vizsgálat ki tudja mutatni a genitális HPV fertőzést és a laboratóriumi vizsgálatok a meghatározást a genitális traktusban lakozó mintegy két tucat közül konkrét fajtára szűkítheti a HPV diagnózisát, egyszerűen nem lehet kideríteni, hogy az adott fertőzés milyen régóta áll fenn vagy melyik konkrét partnertől származik.

Ezért monogám kapcsolatban, hasonlóan a viszonynál vagy akár a szexmentes időszakhoz, a diagnosztizált HPV csak azt jelenti, hogy az adott személy élete során valamikor HPV fertőzést szerzett.